OK. I guess it is as simple as:<br>field(Vector(-0.001528,-0.000605,-0.000350))<br><br>or:<br>field(universe2.protein[1][20].atomList()[4].position())<br><br>where field is an AtomicVectorField.<br><br>Sorry for such a simple question!
<br>Ramon<br><br><br><br><br><div><span class="gmail_quote">2007/5/3, Ramon Crehuet &lt;<a href="mailto:rcrehuet@gmail.com">rcrehuet@gmail.com</a>&gt;:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi all!<br>I feel I am asking <span id="st" name="st" class="st">a</span> simple question, but I can&#39;t find <span id="st" name="st" class="st">a</span> solution...<br>I have done <span id="st" name="st" class="st">a</span>
 normal mode calculation and stored the modes in an object called &quot;modes&quot;. Now I create <span id="st" name="st" class="st">a</span> <span id="st" name="st" class="st">field</span> for <span id="st" name="st" class="st">
a</span> given mode as:
<br><span id="st" name="st" class="st">field</span> = AtomicVectorField(universe, 0.5, modes[6])<br><br>And I&#39;d like to know the value <span id="st" name="st" class="st">of</span> the <span id="st" name="st" class="st">
field</span> in different 3D points (the position <span id="st" name="st" class="st">of</span> atoms different from the Calphas I used to calculate the modes, in order to get the movement <span id="st" name="st" class="st">
of</span> all the atoms, not only the Calphas). How can this be done?
<br><br>Or put in another way, if I do <span id="st" name="st" class="st">a</span> Calpha normal mode calculation, how can I interpolate the movements <span id="st" name="st" class="st">of</span> the all-atom model?<br><br>
Thanks in advance!<br><span class="sg">Ramon<br><br>
</span></blockquote></div><br>