<br><br>Hi Konrad (and MMTKers),<br><br>Please disregard my last message to you and to the list.&nbsp; I forgot a parentheses and only spotted it during my checking of the code AFTER posting the problem.&nbsp; Indeed I was passing an instancemethod, as the error indicated.
<br><br>Cheers,<br><br>seth<br><br><div><span class="gmail_quote">On 9/22/06, <b class="gmail_sendername">Dr. Seth Olsen</b> &lt;<a href="mailto:seth.olsen@gmail.com">seth.olsen@gmail.com</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>Hi MMTKers,<br><br>My problems with vectors have not gone away, and are persisting despite such efforts as blowing away my Scientific2.511 distribution and reinstalling it, as well as doing same and removing the Scientific_vector.pyx.&nbsp; The latest manifestation occurs as so:
<span class="q"><br><br>Traceback (most recent call last):<br></span>&nbsp; File &quot;&lt;stdin&gt;&quot;, line 416, in ?<br>&nbsp; File &quot;&lt;stdin&gt;&quot;, line 413, in main<br>&nbsp; File &quot;&lt;stdin&gt;&quot;, line 348, in VMDDump
<br>&nbsp; File &quot;&lt;stdin&gt;&quot;, line 272, in VMDVectorLines
<br>&nbsp; File &quot;/usr/lib/python2.4/site-packages/Scientific/Geometry/VectorModule.py&quot;, line 72, in __add__<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; return Vector(self.array+other.array)<br>AttributeError: 'function' object has no attribute 'array'<br>

<br>In this case the Vector class is imported via 'from Scientific.Geometry.VectorModule import Vector'.&nbsp; If I instead use 'from Scientific.Geometry import Vector' (which I understand invokes the pyx vector class), I get:
<span class="q"><br><br>Traceback (most recent call last):<br></span>&nbsp; File &quot;&lt;stdin&gt;&quot;, line 416, in ?<br>&nbsp; File &quot;&lt;stdin&gt;&quot;, line 413, in main<br>&nbsp; File &quot;&lt;stdin&gt;&quot;, line 348, in VMDDump
<br>&nbsp; File &quot;&lt;stdin&gt;&quot;, line 272, in VMDVectorLines
<span class="q"><br>&nbsp; File &quot;Scientific_vector.pyx&quot;, line 74, in Scientific_vector.vector.__add__<br></span>TypeError: Argument 'self' has incorrect type (expected Scientific_vector.vector, got instancemethod)<br>
<br>I'm not sure what the problem is (and I've included the code I'm writing as attachment - I don't know if it will be useful because it import other modules that I haven't attached).&nbsp; As far as I can tell it seems to be that the offending vector has been passed as an attribute of an instance of a class, but I'm not sure.&nbsp; In the attached script (as can be seen), the vectors that are added to produce either error are read in from external sources as arrays and clearly declared as vectors which are then attached to instances of particular classes which serve as specialized data structures.&nbsp; 
<br><br>Can someone illuminate the issue?<br><br>Cheers,<br><span class="sg"><br>Seth<br><br><br><br></span><div><span class="q"><span class="gmail_quote">On 9/20/06, <b class="gmail_sendername">Konrad Hinsen</b> &lt;<a href="mailto:hinsen@cnrs-orleans.fr" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
hinsen@cnrs-orleans.fr
</a>&gt; wrote:</span></span><div><span class="e" id="q_10dd3b4963e264ab_10"><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">On Sep 19, 2006, at 15:39, Dr. Seth Olsen wrote:
<br><br>&gt; Traceback (most recent call last):
<br>&gt;&nbsp;&nbsp; File &quot;&lt;stdin&gt;&quot;, line 37, in ?<br>&gt;&nbsp;&nbsp; File &quot;/usr/lib/python2.4/site-packages/MMTK/Collections.py&quot;, line<br>&gt; 246, in normalizePosition<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; self.translateTo(Vector(0., 0., 0.))
<br>&gt;&nbsp;&nbsp; File &quot;/usr/lib/python2.4/site-packages/MMTK/Collections.py&quot;, line<br>&gt; 243, in translateTo<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; self.translateBy(position-self.centerOfMass())<br>&gt;&nbsp;&nbsp; File &quot;/usr/lib/python2.4/site-packages/MMTK/Collections.py&quot;, line
<br>&gt; 86, in centerOfMass<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mr = mr + a._mass * a.position(conf)<br>&gt;&nbsp;&nbsp; File &quot;Scientific_vector.pyx&quot;, line 74, in<br>&gt; Scientific_vector.vector.__add__<br>&gt; TypeError: Argument 'other' has incorrect type (expected
<br>&gt; Scientific_vector.vector, got array)<br><br>Which version of ScientificPython are you using? This works fine for<br>me using the latest one (2.5.11).<br><br>On Sep 19, 2006, at 17:57, Dr. Seth Olsen wrote:<br><br>

&gt; Upon looking into the archives, I think I found the solution: to<br>&gt; delete the Scientific_vector.so file so that the original python<br>&gt; code is used.&nbsp;&nbsp;If I'm wrong, I'll find out soon enough.<br><br>If you have an old Scientific with a buggy Pyrex vector class, that's
<br>a solution indeed.<br><br>&gt; By the way, was the issue with the not-so-good fit via<br>&gt; findTransformation() ever solved?&nbsp;&nbsp;That function works now for me<br>&gt; (as does most everything - thanks to everyone's help) but I must
<br>&gt; admit that I've seen better rms fits from fortran qtrfit codes...<br><br>The function is supposed to produce the best fit possible using<br>translation and rotation. If you have a case for which some other<br>code produces a better fit, I'd like to see it to check what's going
<br>wrong.<br><br>Konrad.<br>--<br>---------------------------------------------------------------------<br>Konrad Hinsen<br>Centre de Biophysique Moléculaire, CNRS Orléans<br>Synchrotron Soleil - Division Expériences<br>

Saint Aubin - BP 48<br>91192 Gif sur Yvette Cedex, France<br>Tel. +33-1 69 35 97 15<br>E-Mail: <a href="mailto:hinsen@cnrs-orleans.fr" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">hinsen@cnrs-orleans.fr
</a><br>---------------------------------------------------------------------
<br><br><br></blockquote></span></div></div><br><br clear="all"><div><span class="e" id="q_10dd3b4963e264ab_12"><br>-- <br>ccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccms<br><br>Dr Seth Olsen, PhD<br>Postdoctoral Fellow, Biomolecular Modeling Group
<br>Centre for Computational Molecular Science
<br>Australian Institute for Bioengineering and Nanotechnology (Bldg. 75)<br>The University of Queensland<br>Qld 4072, Brisbane, Australia<br><br>tel (617) 3346 3976<br>fax (617) 33654623<br>email: <a href="mailto:s.olsen1@uq.edu.au" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">

s.olsen1@uq.edu.au</a><br>Web: <a href="http://www.ccms.uq.edu.au" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">www.ccms.uq.edu.au</a> <br><br>ccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccms
<br>The opinions expressed here are my own and do not reflect the positions of the University of Queensland.

</span></div><br clear="all"></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>ccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccms<br><br>Dr Seth Olsen, PhD<br>Postdoctoral Fellow, Biomolecular Modeling Group
<br>Centre for Computational Molecular Science<br>Australian Institute for Bioengineering and Nanotechnology (Bldg. 75)<br>The University of Queensland<br>Qld 4072, Brisbane, Australia<br><br>tel (617) 3346 3976<br>fax (617) 33654623
<br>email: <a href="mailto:s.olsen1@uq.edu.au">s.olsen1@uq.edu.au</a><br>Web: <a href="http://www.ccms.uq.edu.au">www.ccms.uq.edu.au</a> <br><br>ccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccms<br>The opinions expressed here are my own and do not reflect the positions of the University of Queensland.