<br>
Hi MMTKers,<br>
<br>
Upon looking into the archives, I think I found the solution: to delete
the Scientific_vector.so file so that the original python code is
used.&nbsp; If I'm wrong, I'll find out soon enough.<br>
<br>
By the way, was the issue with the not-so-good fit via
findTransformation() ever solved?&nbsp; That function works now for me
(as does most everything - thanks to everyone's help) but I must admit
that I've seen better rms fits from fortran qtrfit codes...<br>
<br>
Cheers,<br>
<br>
Seth<br><br><div><span class="gmail_quote">On 9/19/06, <b class="gmail_sendername">Dr. Seth Olsen</b> &lt;<a href="mailto:seth.olsen@gmail.com">seth.olsen@gmail.com</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div><br>
HI MMTKers,<br>
<br>
I'm running into an error I haven't seen before with functions like
Collection.normalizePosition() and
Collection.translateTo(<span id="st" name="st" class="st">Vector</span>(0.,0.,0.).&nbsp; The error states:<br>
<br>
Traceback (most recent call last):<br>
&nbsp; File &quot;&lt;stdin&gt;&quot;, line 37, in ?<br>
&nbsp; File &quot;/usr/lib/python2.4/site-packages/<span id="st" name="st" class="st">MMTK</span>/Collections.py&quot;, line 246, in normalizePosition<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; self.translateTo(<span id="st" name="st" class="st">Vector</span>(0., 0., 0.))<br>
&nbsp; File &quot;/usr/lib/python2.4/site-packages/<span id="st" name="st" class="st">MMTK</span>/Collections.py&quot;, line 243, in translateTo<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; self.translateBy(position-self.centerOfMass())<br>
&nbsp; File &quot;/usr/lib/python2.4/site-packages/<span id="st" name="st" class="st">MMTK</span>/Collections.py&quot;, line 86, in centerOfMass<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; mr = mr + a._mass * a.position(conf)<br>
&nbsp; File &quot;Scientific_vector.pyx&quot;, line 74, in Scientific_vector.<span id="st" name="st" class="st">vector</span>.__add__<br>
TypeError: Argument 'other' has incorrect type (expected Scientific_vector.<span id="st" name="st" class="st">vector</span>, got array)<br>
<br>
Any ideas?<br>
<br>
Cheers,<br>
<br>
Seth<br>-- <br>ccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccms<br><br>Dr Seth Olsen, PhD<br>Postdoctoral Fellow, Biomolecular Modeling Group<br>Centre for Computational Molecular Science<br>Australian Institute for Bioengineering and Nanotechnology (Bldg. 75)
<br>The University of Queensland<br>Qld 4072, Brisbane, Australia<br><br>tel (617) 3346 3976<br>fax (617) 33654623<br>email: <a href="mailto:s.olsen1@uq.edu.au" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
s.olsen1@uq.edu.au</a><br>Web: <a href="http://www.ccms.uq.edu.au" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
www.ccms.uq.edu.au</a> <br><br>ccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccms<br>The opinions expressed here are my own and do not reflect the positions of the University of Queensland.

</div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>ccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccms<br><br>Dr Seth Olsen, PhD<br>Postdoctoral Fellow, Biomolecular Modeling Group<br>Centre for Computational Molecular Science
<br>Australian Institute for Bioengineering and Nanotechnology (Bldg. 75)<br>The University of Queensland<br>Qld 4072, Brisbane, Australia<br><br>tel (617) 3346 3976<br>fax (617) 33654623<br>email: <a href="mailto:s.olsen1@uq.edu.au">
s.olsen1@uq.edu.au</a><br>Web: <a href="http://www.ccms.uq.edu.au">www.ccms.uq.edu.au</a> <br><br>ccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccms<br>The opinions expressed here are my own and do not reflect the positions of the University of Queensland.