<br>
Hi Alex,<br>
<br>
Thanks very much, that did solve the float problem....&nbsp; but... it
seems the real problem is that I haven't found a version of numeric (or
numpy) that will both allow float casting of particle vectors for
Subspace.getBasis() and successfully perform the diagonalization
required by Collection.findTransformation().&nbsp; The float casting
problem had appeared after I upgraded my Numeric module to try to fix
the eigensolver problem.&nbsp; At present, the call to lapack by
numeric seems to send my laptop into an endless spin (the fan is going
like crazy right now, and will until I kill the interpreter). &nbsp; I
am not totally sure that the new installs of numeric actually solved
this at all, since the float cast appears before the invocation of the
eigensolver in the script.&nbsp; I'm a bit humbled by the fact that I
haven't been able to work around the float casting problem, since I
thought I understood what Subspace.getBasis() was doing...<br>
<br>
Cheers,<br>
<br>
Seth<br>
<br><br><div><span class="gmail_quote">On 9/19/06, <b class="gmail_sendername">Alexander D. Wissner-Gross</b> &lt;<a href="mailto:alexwg@physics.harvard.edu">alexwg@physics.harvard.edu</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi Seth,<br><br>If you use Numeric 23.8 instead of 24.2 that should fix your problem.<br><br>Best,<br>Alex Wissner-Gross<br><br>Dr. Seth Olsen wrote:<br>&gt;<br>&gt; Hi MMTKers,<br>&gt;<br>&gt; I had a try at working around the error I was getting from
<br>&gt; Subspace.getBasis(), namely:<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp; Traceback (most recent call last):<br>&gt;&nbsp;&nbsp; File &quot;&lt;stdin&gt;&quot;, line 67, in ?<br>&gt;&nbsp;&nbsp; File &quot;/usr/lib/python2.4/site-packages/MMTK/Subspace.py&quot;, line 79, in
<br>&gt; getBasis<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; basis = Numeric.array(self.vectors, Numeric.Float)<br>&gt; AttributeError: ParticleVector instance has no attribute '__float__'<br>&gt;<br>&gt; by adding a __float__ attribute to the ParticleVector class as such:
<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;def __float__(self):<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; return Numeric.array(self.array,Numeric.Float)<br>&gt;<br>&gt; but this doesn't work, giving instead a different error:<br>&gt;&nbsp;&nbsp; File &quot;&lt;stdin&gt;&quot;, line 67, in ?
<br>&gt;&nbsp;&nbsp; File &quot;/usr/lib/python2.4/site-packages/MMTK/Subspace.py&quot;, line 79, in<br>&gt; getBasis<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; basis = Numeric.array(self.vectors, Numeric.Float)<br>&gt; TypeError: nb_float should return float object
<br>&gt;<br>&gt; This is quite perplexing, as I can't be the first one to run into this<br>&gt; bug.&nbsp;&nbsp;I'm giving up for the evening.&nbsp;&nbsp;I will try again tomorrow.<br>&gt;<br>&gt; Cheers,<br>&gt;<br>&gt; Seth<br>&gt;<br>&gt;
<br>&gt; ccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccms<br>&gt;<br>&gt; Dr Seth Olsen, PhD<br>&gt; Postdoctoral Fellow, Biomolecular Modeling Group<br>&gt; Centre for Computational Molecular Science<br>&gt; Australian Institute for Bioengineering and Nanotechnology (Bldg. 75)
<br>&gt; The University of Queensland<br>&gt; Qld 4072, Brisbane, Australia<br>&gt;<br>&gt; tel (617) 3346 3976<br>&gt; fax (617) 33654623<br>&gt; email: <a href="mailto:s.olsen1@uq.edu.au">s.olsen1@uq.edu.au</a> &lt;mailto:
<a href="mailto:s.olsen1@uq.edu.au">s.olsen1@uq.edu.au</a>&gt;<br>&gt; Web: <a href="http://www.ccms.uq.edu.au">www.ccms.uq.edu.au</a> &lt;<a href="http://www.ccms.uq.edu.au">http://www.ccms.uq.edu.au</a>&gt;<br>&gt;<br>&gt; ccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccms
<br>&gt; The opinions expressed here are my own and do not reflect the positions<br>&gt; of the University of Queensland.<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; ------------------------------------------------------------------------<br>
&gt;<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; mmtk maillist&nbsp;&nbsp;-&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:mmtk@starship.python.net">mmtk@starship.python.net</a><br>&gt; <a href="http://starship.python.net/mailman/listinfo/mmtk">
http://starship.python.net/mailman/listinfo/mmtk</a><br><br><br>_______________________________________________<br>mmtk maillist&nbsp;&nbsp;-&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:mmtk@starship.python.net">mmtk@starship.python.net</a><br><a href="http://starship.python.net/mailman/listinfo/mmtk">
http://starship.python.net/mailman/listinfo/mmtk</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>ccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccms<br><br>Dr Seth Olsen, PhD<br>Postdoctoral Fellow, Biomolecular Modeling Group
<br>Centre for Computational Molecular Science<br>Australian Institute for Bioengineering and Nanotechnology (Bldg. 75)<br>The University of Queensland<br>Qld 4072, Brisbane, Australia<br><br>tel (617) 3346 3976<br>fax (617) 33654623
<br>email: <a href="mailto:s.olsen1@uq.edu.au">s.olsen1@uq.edu.au</a><br>Web: <a href="http://www.ccms.uq.edu.au">www.ccms.uq.edu.au</a> <br><br>ccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccms<br>The opinions expressed here are my own and do not reflect the positions of the University of Queensland.