<br>Hi MMTKers,<br><br>The problem with Collection.findTransformation() that I reported earlier is due to a problem with LinearAlgebra.eigenvectors().&nbsp; This algortithm does not seem to stop - it can't even manage to find the eigenvectors of the 2x2 square matrix [[2,1],[1,2]].&nbsp; Asking for this causes a long wait followed by CPU overheat warnings.&nbsp; Moreover, I have recompiled 
Numeric23.8 with newly installed atlas libraries, but it still won't work.&nbsp; I have had this problem now on 2 machines (one running FC4 with , the other FC5, both pentium 4 machines), with atlas lapack/blas libraries installed freshly via yum and linked as per the recommendations found in 
setup.py.&nbsp; THE FEDORA INSTALLATIONS ON BOTH MACHINES IS STANDARD - everything has been downloaded and installed via the fedora yum repositories.&nbsp; <br><br>As the eigenvectors() routine in LinearAlgebra.py is obviously going to be a heavily used algorithm (not just in MMTK), is it really possible that no one has had this problem before?&nbsp;&nbsp; 
<br><br>Cheers,<br><br>Seth<br><br><div><span class="gmail_quote">
On 9/18/06, <b class="gmail_sendername">Dr. Seth Olsen</b> &lt;<a href="mailto:seth.olsen@gmail.com" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">seth.olsen@gmail.com</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">

<div><br>
Hi MMTKers,<br>
<br>
I'm having a bit of trouble with
<span name="st">MMTK</span>.Collection.findTransformation.&nbsp; When I use this member
function, the computer never stops thinking until I kill the
process.&nbsp; I've waited a couple of hours and still nothing.&nbsp; I
get the same thing if I try to take a step back and use
Collection.findTransformationAsQuaternion.&nbsp; Has anyone had this
problem before?<br>
<br>
Cheers,<br>
<br>
Seth<br clear="all"><br>-- <br>ccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccms<br><br>Dr Seth Olsen, PhD<br>Postdoctoral Fellow, Biomolecular Modeling Group<br>Centre for Computational Molecular Science<br>


Australian Institute for Bioengineering and Nanotechnology (Bldg. 75)<br>The University of Queensland<br>Qld 4072, Brisbane, Australia<br><br>tel (617) 3346 3976<br>fax (617) 33654623<br>email: <a href="mailto:s.olsen1@uq.edu.au" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">


s.olsen1@uq.edu.au</a><br>Web: <a href="http://www.ccms.uq.edu.au" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">www.ccms.uq.edu.au</a> <br><br>ccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccms
<br>The opinions expressed here are my own and do not reflect the positions of the University of Queensland.

</div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>ccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccms<br><br>Dr Seth Olsen, PhD<br>Postdoctoral Fellow, Biomolecular Modeling Group<br>Centre for Computational Molecular Science
<br>Australian Institute for Bioengineering and Nanotechnology (Bldg. 75)<br>The University of Queensland<br>Qld 4072, Brisbane, Australia<br><br>tel (617) 3346 3976<br>fax (617) 33654623<br>email: <a href="mailto:s.olsen1@uq.edu.au" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">

s.olsen1@uq.edu.au</a><br>Web: <a href="http://www.ccms.uq.edu.au" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">www.ccms.uq.edu.au</a> <br><br>ccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccms
<br>The opinions expressed here are my own and do not reflect the positions of the University of Queensland.