<br>Hi Travis,<br><br>I would very happily accept the Scientific and MMTK patches.&nbsp; Thank you very much for the offer.<br><br>I hadn't thought much about it until very recently, when the advent of a new IT structure in our laboratory forced me to upgrade my existing software.&nbsp; It was then that it became obvious that the LAPACK routines called by Numeric and MMTK were refusing to work.&nbsp; I've spent the day trying to wrestle with the problem (I am by no means an expert).&nbsp; I finally decided to get around the problems by altering the problem-solving routines in MMTK by using routines from numpy and then immediately applying a=
Numeric.array(a.tolist()), which has stopped my script from gagging (although I have still to demonstrate to myself that everything is working).&nbsp; The uses to which I apply MMTK usually mean that the matrices in question are pretty small, so I don't have to worry too much about speed.
<br><br>I was suprised to note, however, that a straightforward application of F2PY to some fresh downloaded LAPACK F77 code did not work, and sent my machine into a similar endless whirr as I had seen at the beginning of the day.&nbsp; Apparently there's something sinister going on...
<br><br>Cheers,<br><br>Seth<br><br><div><span class="gmail_quote">On 9/19/06, <b class="gmail_sendername">Travis Oliphant</b> &lt;<a href="mailto:oliphant.travis@ieee.org">oliphant.travis@ieee.org</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Dr. Seth Olsen wrote:<br>&gt;<br>&gt; Hi Bill,<br>&gt;<br>&gt; MMTK has not made the conversion over to the new numpy module.&nbsp;&nbsp;It is<br>&gt; built against the old Numeric code, and the word from its developers<br>&gt; is that changing to numpy cannot be a priority now.
<br>&gt;<br>My suggestion is to *kindly* put pressure on them.<br><br>I've spent at least a hundred hours making it easy for people to port<br>Numeric and Numarray-built code to NumPy.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Because of this, I'm a<br>little bit frustrated by this kind of response.&nbsp;&nbsp;I understand it will
<br>take time for people to migrate, but it really does not take that long<br>to port code to use NumPy.<br><br>I've offered to do it for any open source code.&nbsp;&nbsp; In fact, I just spent<br>30 minutes and ported both Scientific Python and MMTK to use numpy.
<br>I'll send you a patch if you want.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; It is true, that the result needs<br>to be better tested, but I'm confident that any errors which might<br>remain in the compatibility layer will be easily fixable (and we need<br>
people who are willing to do the tests to fix them).<br><br>I'd rather not do this, but if necessary we can easily create an SVN<br>tree of third-party packages ported to use NumPy if the package-owners<br>are not willing to do it.&nbsp;&nbsp; Keeping Numeric packages around except for
<br>legacy systems will only make things harder.<br><br>I'll repeat the same offer I've made before:&nbsp;&nbsp;I will gladly give my book<br>and my help to any open source library author who will make porting to<br>NumPy a priority for their package.&nbsp;&nbsp;Note, however, my (free) ports to
<br>use NumPy do not use any &quot;numerix-style&quot; layer.&nbsp;&nbsp;The library is<br>converted to work with NumPy alone.&nbsp;&nbsp;In other words, I won't spend any<br>more &quot;spare&quot; time supporting 3 array packages.<br><br>Best regards,
<br><br>-Travis<br><br><br>-------------------------------------------------------------------------<br>Take Surveys. Earn Cash. Influence the Future of IT<br>Join SourceForge.net's Techsay panel and you'll get the chance to share your
<br>opinions on IT &amp; business topics through brief surveys -- and earn cash<br><a href="http://www.techsay.com/default.php?page=join.php&amp;p=sourceforge&amp;CID=DEVDEV">http://www.techsay.com/default.php?page=join.php&amp;p=sourceforge&amp;CID=DEVDEV
</a><br>_______________________________________________<br>Numpy-discussion mailing list<br><a href="mailto:Numpy-discussion@lists.sourceforge.net">Numpy-discussion@lists.sourceforge.net</a><br><a href="https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/numpy-discussion">
https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/numpy-discussion</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>ccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccms<br><br>Dr Seth Olsen, PhD<br>Postdoctoral Fellow, Biomolecular Modeling Group
<br>Centre for Computational Molecular Science<br>Australian Institute for Bioengineering and Nanotechnology (Bldg. 75)<br>The University of Queensland<br>Qld 4072, Brisbane, Australia<br><br>tel (617) 3346 3976<br>fax (617) 33654623
<br>email: <a href="mailto:s.olsen1@uq.edu.au">s.olsen1@uq.edu.au</a><br>Web: <a href="http://www.ccms.uq.edu.au">www.ccms.uq.edu.au</a> <br><br>ccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccms<br>The opinions expressed here are my own and do not reflect the positions of the University of Queensland.