Hi there,<br>
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I am trying to do a normal mode analysis of a fragment of DNA
surrounded by a 3.5 angstrom layer of solvent (water + sodium ions)
using the Amber forcefield.&nbsp; The DNA is imported from a .pdb
file.&nbsp; When I attempt to do the minimization step of the normal
mode analysis I get an error message that I believe means that I need
to define something...but I am not sure what that something is.&nbsp;
Here is the output from the minimization step:<br>
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Python 2.2.2 (#1, Sep 24 2004, 16:10:19) <br>
[GCC 3.2.2 20030222 (Red Hat Linux 3.2.2-5)] on linux2<br>
Type &quot;help&quot;, &quot;copyright&quot;, &quot;credits&quot; or &quot;license&quot; for more information.<br>
&gt;&gt;&gt; from MMTK import *<br>
&gt;&gt;&gt; from MMTK.ForceFields import Amber94ForceField<br>
&gt;&gt;&gt; from MMTK.NormalModes import NormalModes<br>
&gt;&gt;&gt; from MMTK.Minimization import ConjugateGradientMinimizer<br>
&gt;&gt;&gt; from MMTK.PDB import PDBConfiguration<br>
&gt;&gt;&gt; from MMTK.Trajectory import StandardLogOutput<br>
&gt;&gt;&gt; universe = InfiniteUniverse(Amber94ForceField())<br>
&gt;&gt;&gt; DNAconfiguration = PDBConfiguration('testna.pdb')<br>
&gt;&gt;&gt; universe.addObject(DNAconfiguration.createAll(None,1))<br>
&gt;&gt;&gt; minimizer = ConjugateGradientMinimizer(universe,<br>
...&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
actions=[StandardLogOutput(50)])<br>
&gt;&gt;&gt; minimizer(convergence = 1.e-4, steps = 50000)<br>
Traceback (most recent call last):<br>
&nbsp; File &quot;&lt;stdin&gt;&quot;, line 1, in ?<br>
&nbsp; File &quot;/usr0/user/kwoods/nmoldyn/lib/python2.2/site-packages/MMTK/Minimization.py&quot;, line 194, in __call__<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; evaluator = self.universe.energyEvaluator(threads=nt).CEvaluator()<br>
&nbsp; File &quot;/usr0/user/kwoods/nmoldyn/lib/python2.2/site-packages/MMTK/Universe.py&quot;, line 615, in energyEvaluator<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; threads, mpi_communicator)<br>
&nbsp; File &quot;/usr0/user/kwoods/nmoldyn/lib/python2.2/site-packages/MMTK/ForceFields/ForceField.py&quot;, line 183, in __init__<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; self.global_data)<br>
&nbsp; File
&quot;/usr0/user/kwoods/nmoldyn/lib/python2.2/site-packages/MMTK/ForceFields/MMForceField.py&quot;,
line 317, in evaluatorTerms<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; self.collectAtomTypesAndIndices(universe, global_data)<br>
&nbsp; File
&quot;/usr0/user/kwoods/nmoldyn/lib/python2.2/site-packages/MMTK/ForceFields/MMForceField.py&quot;,
line 48, in collectAtomTypesAndIndices<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; type[a] = o.getAtomProperty(a, self.dataset<br>
&nbsp; File &quot;/usr0/user/kwoods/nmoldyn/lib/python2.2/site-packages/MMTK/ChemicalObjects.py&quot;, line 326, in getAtomProperty<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; return levels[-1].getAtomProperty(atom, property, levels[:-1])<br>
&nbsp; File &quot;/usr0/user/kwoods/nmoldyn/lib/python2.2/site-packages/MMTK/ChemicalObjects.py&quot;, line 628, in getAtomProperty<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; return getattr(self, property)<br>
&nbsp; File &quot;/usr0/user/kwoods/nmoldyn/lib/python2.2/site-packages/MMTK/ChemicalObjects.py&quot;, line 54, in __getattr__<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; return getattr(self.type, attr)<br>
AttributeError: AtomType instance has no attribute 'amber_atom_type'<br>
&gt;&gt;&gt; <br>
<br>
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Could anyone possibly tell me what I am doing wrong or what I need to define?&nbsp; <br>
<br>
Any help would definitely be appreciated!<br>
<br>
Thanks,<br>
<br>
Kristina :)<br>