<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1">
<META content="MSHTML 6.00.2800.1400" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT face=Arial size=2>I am trying to read in a PDB fille.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>My code looks like this:</FONT><FONT 
face=CMTT12></DIV>
<DIV>
<P align=left><FONT face=Arial size=2>from MMTK import *<BR>from MMTK.PDB import 
PDBConfiguration<BR>from MMTK.ForceFields import Amber94ForceField<BR>import 
sys</FONT></P>
<P align=left><FONT face=Arial size=2>conf = 
PDBConfiguration('alanin.pdb')<BR>chains = 
conf.createPeptideChains()<BR>universe = 
InfiniteUniverse(Amber94ForceField())<BR>universe.addObject(chains)<BR>print 
universe.energy()<BR>print universe.energyTerms()['electrostatic']</FONT></P>
<P align=left><FONT face=Arial size=2>When I try and specify the PDB file to be 
something that was not included in the source distribution (i.e. a configuration 
that is not 2YCC.pdb, insulin.pdb etc), I get errors.&nbsp; For example, I got 
alanin.pdb from the protein databank.&nbsp; I put this file in 
C:\Python23\Lib\site-packages\MMTK\Database\PDB.&nbsp; When I run the code as 
above, I get the following error:</FONT></P>
<P align=left><FONT face=Arial size=2>Traceback (most recent call 
last):<BR>&nbsp; File 
"C:\PYTHON23\lib\site-packages\Pythonwin\pywin\framework\scriptutils.py", line 
310, in RunScript<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; exec codeObject in 
__main__.__dict__<BR>&nbsp; File "C:\Python23\Scripts\shirl.py", line 6, in 
?<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp; File 
"c:\python23\Lib\site-packages\MMTK\PDB.py", line 147, in 
__init__<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Scientific.IO.PDB.Structure.__init__(self, 
filename)<BR>&nbsp; File "C:\PYTHON23\Lib\site-packages\Scientific\IO\PDB.py", 
line 890, in __init__<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
self.parseFile(PDBFile(filename))<BR>&nbsp; File 
"C:\PYTHON23\Lib\site-packages\Scientific\IO\PDB.py", line 1041, in 
parseFile<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; type, data = file.readLine()<BR>&nbsp; File 
"C:\PYTHON23\Lib\site-packages\Scientific\IO\PDB.py", line 152, in 
readLine<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; data = {'serial_number': line[1],<BR>&nbsp; File 
"C:\PYTHON23\Lib\site-packages\Scientific\IO\FortranFormat.py", line 122, in 
__getitem__<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; return self.data[i]<BR>IndexError: list 
in</FONT><FONT face=Arial size=2>dex out of range</FONT></P>
<P align=left><FONT face=Arial size=2>If instead I have insulin.pdb instead of 
alanin.pdb, it works.</FONT></P>
<P align=left><FONT face=Arial size=2>Is there something I am doing wrong?&nbsp; 
I even created an evironment variable in my PATH called MMTKPATH according to 
this link:&nbsp; </FONT><FONT face=Arial size=2><A 
href="http://starship.python.net/crew/hinsen/mmtk_manual/database.html">http://starship.python.net/crew/hinsen/mmtk_manual/database.html</A></FONT></P>
<P align=left><FONT face=Arial size=2>I tried setting this env variable to be: 
C:\Python23\Lib\site-packages\MMTK\Database\PDB and 
C:\Python23\Lib\site-packages\MMTK\Database, but neither work??<BR></FONT><FONT 
face=Arial size=2><BR>Thanks in advance,<BR></FONT><FONT face=Arial 
size=2>shirley</FONT></P>
<P align=left></P>
<P align=left><FONT face=Arial 
size=2></FONT>&nbsp;</P></FONT></DIV></BODY></HTML>