<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1">
<META content="MSHTML 6.00.2800.1400" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT face=Arial size=2><FONT face="Times New Roman" size=3>I just tried 
again with another PDB file and it seems to work with the other PDB file?<BR>I 
wonder if it just something wrong with the alanin file that I have?&nbsp; Does 
anyone else have problems with alanin.pdb?<BR>The alanin.pdb file I am using is 
below:<BR><BR>REMARK 
FILENAME="/usr/people/nonella/xplor/benchmark1/ALANIN.PDB"<BR>REMARK PARAM11.PRO 
( from PARAM6A )<BR>REMARK ===========<BR>REMARK PROTEIN PARAMETERS:<BR>REMARK 
PEPTIDE GEOMETRY FROM RAMACHANDRAN ET AL BBA 359:298 (1974)<BR>REMARK TORSIONS 
FROM HAGLER ET AL JACS 98:4600 (1976)<BR>REMARK LENNARD-JONES NONBONDED 
PARAMETERS WITH SPECIAL TREATMENT OF 1:4<BR>REMARK CARBON-CARBON INTERACTIONS: 
JORGENSON ET. AL.<BR>REMARK JACS 103:3976-3985 WITH 1-4 RC=1.80/0.1<BR>REMARK 
DATE:16-Feb-89 11:21:32 created by user: nonella<BR>ATOM 1 CA ACE 1 -2.184 0.591 
0.910 0.0 10.0 MAIN<BR>ATOM 2 C ACE 1 -0.665 0.627 0.966 100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 
3 O ACE 1 -0.069 1.213 1.868 100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 4 N ALA 2 0.000 0.000 0.000 
100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 5 H ALA 2 -0.490 -0.462 -0.712 100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 6 
CA ALA 2 1.450 0.000 0.000 0.0 10.0 MAIN<BR>ATOM 7 CB ALA 2 1.969 -0.670 -1.262 
100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 8 C ALA 2 2.010 1.413 0.000 100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 9 O 
ALA 2 2.911 1.748 0.767 100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 10 N ALA 3 1.488 2.280 -0.863 
100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 11 H ALA 3 0.770 1.998 -1.467 100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 12 
CA ALA 3 1.981 3.643 -0.909 0.0 10.0 MAIN<BR>ATOM 13 CB ALA 3 1.147 4.464 -1.880 
100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 14 C ALA 3 1.865 4.326 0.444 100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 15 O 
ALA 3 2.801 4.963 0.924 100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 16 N ALA 4 0.710 4.211 1.093 
100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 17 H ALA 4 -0.026 3.700 0.697 100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 18 
CA ALA 4 0.541 4.841 2.388 0.0 10.0 MAIN<BR>ATOM 19 CB ALA 4 -0.809 4.462 2.976 
100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 20 C ALA 4 1.591 4.371 3.381 100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 21 O 
ALA 4 2.212 5.167 4.085 100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 22 N ALA 5 1.818 3.063 3.463 
100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 23 H ALA 5 1.315 2.443 2.895 100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 24 CA 
ALA 5 2.809 2.556 4.392 0.0 10.0 MAIN<BR>ATOM 25 CB ALA 5 2.970 1.055 4.209 
100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 26 C ALA 5 4.176 3.170 4.142 100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 27 O 
ALA 5 4.859 3.615 5.064 100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 28 N ALA 6 4.611 3.212 2.886 
100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 29 H ALA 6 4.055 2.853 2.163 100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 30 CA 
ALA 6 5.908 3.786 2.586 0.0 10.0 MAIN<BR>ATOM 31 CB ALA 6 6.121 3.830 1.082 
100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 32 C ALA 6 6.012 5.221 3.079 100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 33 O 
ALA 6 6.992 5.614 3.710 100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 34 N ALA 7 5.002 6.040 2.802 
100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 35 H ALA 7 4.228 5.711 2.297 100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 36 CA 
ALA 7 5.044 7.419 3.245 0.0 10.0 MAIN<BR>ATOM 37 CB ALA 7 3.730 8.110 2.918 
100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 38 C ALA 7 5.219 7.518 4.752 100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 39 O 
ALA 7 6.045 8.278 5.255 100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 40 N ALA 8 4.445 6.748 5.512 
100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 41 H ALA 8 3.792 6.148 5.096 100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 42 CA 
ALA 8 4.566 6.799 6.956 0.0 10.0 MAIN<BR>ATOM 43 CB ALA 8 3.670 5.747 7.589 
100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 44 C ALA 8 5.984 6.488 7.409 100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 45 O 
ALA 8 6.560 7.186 8.241 100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 46 N ALA 9 6.582 5.429 6.871 
100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 47 H ALA 9 6.109 4.882 6.209 100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 48 CA 
ALA 9 7.934 5.082 7.264 0.0 10.0 MAIN<BR>ATOM 49 CB ALA 9 8.436 3.918 6.425 
100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 50 C ALA 9 8.898 6.233 7.027 100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 51 O 
ALA 9 9.705 6.584 7.887 100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 52 N ALA 10 8.839 6.851 5.851 
100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 53 H ALA 10 8.190 6.560 5.176 100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 54 
CA ALA 10 9.733 7.956 5.567 0.0 10.0 MAIN<BR>ATOM 55 CB ALA 10 9.388 8.570 4.219 
100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 56 C ALA 10 9.595 9.067 6.595 100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 57 O 
ALA 10 10.580 9.587 7.117 100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 58 N ALA 11 8.364 9.460 6.912 
100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 59 H ALA 11 7.590 9.036 6.488 100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 60 
CA ALA 11 8.169 10.516 7.887 0.0 10.0 MAIN<BR>ATOM 61 CB ALA 11 6.686 10.695 
8.168 100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 62 C ALA 11 8.823 10.177 9.217 100.0 0.0 
MAIN<BR>ATOM 63 O ALA 11 9.523 10.992 9.815 100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 64 N CBX 12 
8.610 8.962 9.714 100.0 0.0 MAIN<BR>ATOM 65 H CBX 12 8.050 8.324 9.225 100.0 0.0 
MAIN<BR>ATOM 66 CA CBX 12 9.223 8.571 11.014 0.0 10.0 MAIN<BR>END<BR><BR>----- 
Original Message ----- <BR>From: Shirley Hui<BR>To: </FONT><A 
href="mailto:mmtk@python.net"><FONT face="Times New Roman" 
size=3>mmtk@python.net</FONT></A><BR><FONT face="Times New Roman" size=3>Sent: 
Monday, May 10, 2004 7:51 PM<BR>Subject: [MMTK] PDB file<BR><BR><BR>I am trying 
to read in a PDB fille.<BR>My code looks like this:<BR>from MMTK import 
*<BR>from MMTK.PDB import PDBConfiguration<BR>from MMTK.ForceFields import 
Amber94ForceField<BR>import sys<BR>conf = 
PDBConfiguration('alanin.pdb')<BR>chains = 
conf.createPeptideChains()<BR>universe = 
InfiniteUniverse(Amber94ForceField())<BR>universe.addObject(chains)<BR>print 
universe.energy()<BR>print universe.energyTerms()['electrostatic']<BR>When I try 
and specify the PDB file to be something that was not included in<BR>the source 
distribution (i.e. a configuration that is not 2YCC.pdb,<BR>insulin.pdb etc), I 
get errors.&nbsp; For example, I got alanin.pdb from the<BR>protein 
databank.&nbsp; I put this file 
in<BR>C:\Python23\Lib\site-packages\MMTK\Database\PDB.&nbsp; When I run the code 
as<BR>above, I get the following error:<BR>Traceback (most recent call 
last):<BR>&nbsp; 
File<BR>"C:\PYTHON23\lib\site-packages\Pythonwin\pywin\framework\scriptutils.py",<BR>line 
310, in RunScript<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; exec codeObject in 
__main__.__dict__<BR>&nbsp; File "C:\Python23\Scripts\shirl.py", line 6, in 
?<BR><BR>&nbsp; File "c:\python23\Lib\site-packages\MMTK\PDB.py", line 147, in 
__init__<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Scientific.IO.PDB.Structure.__init__(self, 
filename)<BR>&nbsp; File "C:\PYTHON23\Lib\site-packages\Scientific\IO\PDB.py", 
line 890, in<BR>__init__<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
self.parseFile(PDBFile(filename))<BR>&nbsp; File 
"C:\PYTHON23\Lib\site-packages\Scientific\IO\PDB.py", line 1041, 
in<BR>parseFile<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; type, data = file.readLine()<BR>&nbsp; 
File "C:\PYTHON23\Lib\site-packages\Scientific\IO\PDB.py", line 152, 
in<BR>readLine<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; data = {'serial_number': line[1],<BR>&nbsp; 
File "C:\PYTHON23\Lib\site-packages\Scientific\IO\FortranFormat.py", 
line<BR>122, in __getitem__<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; return 
self.data[i]<BR>IndexError: list index out of range<BR>If instead I have 
insulin.pdb instead of alanin.pdb, it works.<BR>Is there something I am doing 
wrong?&nbsp; I even created an evironment variable<BR>in my PATH called MMTKPATH 
according to this link:<BR></FONT><A 
href="http://starship.python.net/crew/hinsen/mmtk_manual/database.html"><FONT 
face="Times New Roman" 
size=3>http://starship.python.net/crew/hinsen/mmtk_manual/database.html</FONT></A><BR><FONT 
face="Times New Roman" size=3>I tried setting this env variable to 
be:<BR>C:\Python23\Lib\site-packages\MMTK\Database\PDB 
and<BR>C:\Python23\Lib\site-packages\MMTK\Database, but neither 
work??<BR><BR>Thanks in 
advance,<BR>shirley<BR><BR><BR><BR><BR>_______________________________________________<BR>mmtk 
maillist&nbsp; -&nbsp; </FONT><A href="mailto:mmtk@starship.python.net"><FONT 
face="Times New Roman" size=3>mmtk@starship.python.net</FONT></A><BR><A 
href="http://starship.python.net/mailman/listinfo/mmtk"><FONT 
face="Times New Roman" 
size=3>http://starship.python.net/mailman/listinfo/mmtk</FONT></A><BR></FONT></DIV></BODY></HTML>