<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META content="text/html; charset=iso-8859-1" http-equiv=Content-Type>
<META content="MSHTML 5.00.3502.5390" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT face=Arial size=2>I would like to calculate the potential energy 
value of a conformation of a molecule according to a pdb file that I read 
in.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>I have tried out the example in the paper on page 
3.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2><BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;K. 
Hinsen<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;The molecular modeling toolkit: A new approach to 
molecular simulations<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;J. Comp. Chem. 21(2), 79-85 (2000) 
</DIV>
<DIV>
<P>In which, a pdb file is read from the database and stored in the Protein 
object.&nbsp; The Protein object is then stored in the universe and then the 
energy function is caled like the below:</P><FONT face=Courier size=2>
<P>from MMTK import</FONT><FONT face=Courier size=2></FONT></P>
<P><FONT face=Courier size=2>from MMTK.Proteins import Protein</P>
<P>test = Protein(&#8216;110d.pdb&#8217;)</P>
<P>from MMTK.ForceFields import </FONT><FONT face=Courier 
size=2>Amber94ForceField</P>
<P>universe = </FONT><FONT face=Courier 
size=2>InfiniteUniverse(Amber94ForceField())</P>
<P>universe.addObject(test)</P>
<P>print universe.energy()</P>
<P><FONT face=Arial>When I run this code in python, the last line outputs 
0.00.<BR>My expectation was that the energy of the molecule represented in 
110d.pdb would be printed out.</FONT></P>
<P><FONT face=Arial>I looked in the user manual, but it appears that all energy 
related functions are part of the universe object.</FONT></P>
<P><FONT face=Arial>The questions I have are:</FONT></P>
<P><FONT face=Arial>1) Is it possible to read in a molecular conformation from a 
pdb file and then calculate it's potential energy value?</FONT></P>
<P><FONT face=Arial>2) If so, am I doing it correctly above?&nbsp; If not, how 
can I do 1)??</FONT></P>
<P><FONT face=Arial>Thank you,</FONT></P>
<P><FONT face=Arial>shirley</FONT></P></FONT></FONT></DIV></BODY></HTML>